Als pas afgestudeerde stedenbouwkundige van de TH in Delft was ir. B. Fokkinga tijdens de oorlogsjaren op voorspraak van zijn leermeester Granpré Molière in Nijmegen tewerkgesteld. Hij leidde de traditionele wederopbouw van Nijmegen. Op 8 december 1945 presenteert de jonge stedenbouwkundige B. Fokkinga zijn wederopbouwplan (Plan B), dat onder toeziend oog van zijn collega’s Siebers en P. Verhagen tot stand is gekomen. Het plan gaat uit van meer openheid en moderne architectuur in de binnenstad. Fokkinga, die duidelijk is beïnvloed door de modernistische Verhagen, breekt op die manier met de traditionalistische ideeën van Siebers. In Plan B loopt tussen het Kronenburgerpark en het Hertogplein een brede ruimtelijke strook, waarin (van west naar oost) ruimte is gereserveerd voor een geestelijk centrum, een amusementscentrum, een bestuurlijk en een zakelijk centrum. Plan B wordt in maart 1946 als Basisplan voor de wederopbouw gepresenteerd. Het krijgt veel kritiek van de bevolking te verduren, met name omdat de vooroorlogse situatie in het plan teveel wordt aangetast. Daarop komt Fokkinga op 16 november van dat jaar met Plan C, een compromis tussen de twee eerdere plannen. Plan C, waarin de ruimtelijke strook is geschrapt, wordt na enkele aanpassingen op 2 mei 1947 door de gemeenteraad goedgekeurd. In de jaren ’50 verschuift de aandacht naar de uitbreidingswijken. ir B. Fokkinga is dan hoofd Stedenbouw van de gemeente Nijmegen. Het plan voor de uitbreiding op Duckenburg is onder meer van van zijn hand.

Fokkinga was van 1964 tot 1977 directeur Stadsontwikkeling van de gemeente Rotterdam. Een van zijn eerste werken in Rotterdam was het ontwerp voor het Schouwburgplein op het dak van de parkeergarage. De lege stenen vlakte met een gestileerde slang van sierbestrating, drie waterbassins en een overkapping bleef de gemoederen jarenlang bezig houden.
Verder kwam onder zijn leiding het Lijnbaanplein tot stand bij de doortrekking van de Lijnbaan in 1968.

Met de directeur van het havenbedrijf Posthuma en burgemeester Thomassen was hij betrokken bij de ideevorming rond een Wereldhandelscentrum. Door de keuze van de locatie in de Leuvehaven werd het befaamde ‘Venster op de Rivier’ van zijn voorganger Van Traa ter discussie gesteld. De bouw van grootschalige woonwijken als IJsselmonde, Alexanderpolder en Ommoord werd met behulp van geprefabriceerde bouwmethodes voortvarend aangepakt.

Tijdens Fokkinga’s bewind veranderden de ideeën over het gebruik van de stad. Er werd getracht het centrum gezelliger te maken en de nadruk verschoof van grootschalige economische ontwikkeling naar kleinschalige woningbouw. Fokkinga was voorstander van de sluiting van Zestienhoven en de bouw van een woonwijk in plaats van het vliegveld. Tijdens zijn ambtsperiode werden het Plan 2000+, de Structuurnota 1972 (de vingerstad) en het Structuurplan Rotterdam binnen de Ruit 1978 vervaardigd.